Первоначально Иоанно-Предтеченский храм находился немного в другом месте, но в пределах Архиерейского дома Рязанского кремля, в стенах которого находится и сейчас. После присоединения в 1521 году Рязанского княжества к Московскому на территории бывшего княжеского двора, который был застроен полностью деревянными постройками, развернулось каменное строительство. Новый рязанский епископ Иона II возводит первые каменные палаты для жилья и каменную церковь в честь Усекновения главы Иоанна Предтечи.
В 1647 году в кремле был пожар, во время которого сгорели все деревянные постройки, а каменные сильно пострадали. Обгорела церковь Иоанна Предтечи XVI века и палата Ионы. Церковь Иоанна Предтечи разобрали, и на ее месте в 1653–1655 годах построили новые одноэтажные Архиерейские палаты, сохранив в этой постройке белокаменный подклет церкви XVI века. Новую же церковь Иоанна Предтечи поставили над Архиерейскими палатами на втором этаже. Подрядчиком был московский «каменных дел подмастерье» Юрий Яршов.
Об этом строительстве в исторических документах сказано: «На основании, где быть каменной новой Предтеченской церкви и кельям и службам, 1652 года июля с 7 числа до 20 сентября 1653 года... Архангельской церкви священник Иван с дьяконом, по указу архиепископа, пели молебны, и по стенам, по всему основанию кропили святою водою...»
Почти три столетия простоял Предтеченский храм. В его стенах молились более тридцати рязанских архиереев. Последний из них, архиепископ Рязанский и Зарайский Иоанн (Смирнов), в 1919 году был насильно выдворен из Архиерейского дома. Уже за год до этого решением губернского отдела народного образования все государственные и частные городские музеи, личные коллекции и епархиальное древлехранилище были объединены в единый губернский историко-художественный музей. Главным зданием музея становятся трехэтажные Архиерейские палаты Рязанского кремля, а это значит, закрывается и их домовый храм – Предтеченский.
В 2008 году Рязанской епархии был передан ряд объектов Рязанского кремля, среди которых и часть Архиерейского дома с домовым храмом в честь Усекновения главы Иоанна Предтечи. С этого момента началось его возрождение. В 2010 году храм был вновь освящен. Сегодня службы в этой церкви, сохранившей особую атмосферу камерности и тишины, проходят каждый вторник, а также в памятные дни святого. Кроме того, храм в настоящее время является частью епархиального музея «Древлехранилище».
